1個のB細胞は表面上の抗体が特定の外来抗原に結合すると病原体を認識することになる。この抗原/抗体複合体はB細胞によって取り込まれタンパク質分解プロセスによってペプチドにされる。B細胞は次にこれら抗原ペプチドをMHCII分子上に提示する。MHCと抗原の複合体は対応するヘルパーT細胞を誘導し、B細胞を活性化するリンフォカインを放出する。B細胞が活性化されて増殖のための分裂を始めるとその子孫（形質細胞）はこの抗原を認識する抗体コピーを何百万分子も分泌する。これらの抗体は血漿およびリンパ球に入って循環しこの抗原を発現している病原体に結合し、補体系の活性化あるいは貪食細胞による取り込みと破壊が起きるようマークを付ける。抗体は侵入病原体に対し、細菌の毒素に結合したりウイルスや細菌が細胞に感染する際に利用する受容体に妨害作用を及ぼして、直接中和することもできる。
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代替的適応免疫系
適応免疫の古典的な分子（例えば抗体やT細胞受容体）は顎をもった脊椎動物のみに存在するにも拘わらず、ヤツメウナギやメクラウナギのような原始的な無顎脊椎動物には独特なリンパ球由来の分子が発見されている。これらの動物には変異性リンパ球受容体（VLRs）と呼ばれる大きな一群の分子が備わり、顎をもった脊椎動物の抗原受容体のようにごくわずかな数（1つか2つ）の遺伝子のみから産生される。